本发明公开了一种岩溶隧道潜在涌水点的探查与处治方法及系统，它解决了现有技术无法有效探测潜在涌水点的问题，采用多次强降雨‑潜在涌水点探查‑涌水点封堵过程，现了地下水变动带内岩溶隧道潜在涌水的彻底根治，避免了隧道建成后发生二次灾害；包括：利用强降雨条件对潜在涌水点进行探查；对水源进行地球物理探测；基于潜在涌水点与水源水力联系分析方法确定潜在涌水点的涌水类型；对各个潜在涌水点的涌水类型分别确定处治方案；对已治理潜在涌水点进行效果检查，并查找新的潜在涌水点，重复上述步骤进行补充治理。