本发明提供一种复合中药微生态组合物及其制备方法和应用，该组合物以中药复方和益生菌为原料，其中，所述益生菌为植物乳杆菌和/或其发酵物；所述中药复方包含黄莲、黄柏、金荞麦和鱼腥草；所述植物乳杆菌为植物乳杆菌(Lactobacillus Plantarum)BLCC2-0125，于2020年4月24日保存于武汉市中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCC NO：M 2020078。本发明的复合中药微生态组合物能够防治鸡毒支原体，同时可提高鸡只免疫力，增强抗病能力，提高生产性能，增加经济效益。