本发明涉及铁路调度技术领域，具体涉及一种基于无效停站时间分配的列车时刻表调整方法及系统。所述方法包括：计算有效停站时间和无效停站时间；将无效停站时间等分，等分后的无效停站时间逐次分配至列车运行图，计算能耗下降比率，并找出最优的能量下降比率；根据得到的最优能量下降比率，得到优化后的列车运行图；将优化后的列车运行图进行稳定性判断，若满足稳定性判断，则所述列车运行图为目标列车运行图。本发明在保证前后列车时刻表稳定性的基础上，对停站时间进行调整。判断列车是否存在无效停站时间，将无效停站时间进行分配既保证了列车的安全间隔以及车站作业、旅客乘降等相关约束，又减少了列车的运行能耗，降低铁路的运营成本。