本发明提供一种具有隐私保护的水下传感器定位方法。本发明根据被测水域部署水面浮标、锚节点、目标传感器节点；判断目标传感器节点是否启动整个网络；接收到启动信号的锚节点向目标传感器节点回复应答信号；锚节点与目标传感器节点进行信息交互，计算出目标传感器与锚节点之间的传播时延；锚节点利用自身真实位置、接收到的随机矩阵和自身留下的随机矩阵求和得到伪位置，从而协助目标传感器求解两者之间的相对距离；利用测量两者在水平面投影的连线与坐标轴的夹角和计算的相对距离进行定位。本发明考虑声线效应提高了水下定位的精度，另一方面考虑位置信息的隐私保护，能保证水下传感器网络的安全性。