本发明涉及生物技术领域，特别涉及酵母双杂交载体、构建方法及其在蛋白互作中的应用。该酵母双杂交载体包括：pNC-GADT7载体和pNC-GBKT7载体；所述pNC-GADT7载体于pGADT7载体的克隆位点处插入Nimble Cloning克隆框；所述pNC-GBKT7载体于pGBKT7载体的克隆位点处插入Nimble Cloning克隆框。该Nimble Cloning的酵母双杂交载体，以方便目标基因克隆到载体。具有操作简单、克隆效率高、可标准化克隆等优点。