本发明公开了一种肝硬化阴离子标志物的筛选方法，包括以下步骤：第一步，样本提取；第二步，利用LC‑MS/MS分离并采集质谱数据：用纳流液相色谱分离第一步中得到的粉状代谢混合物，将分离后的样品用质谱仪Ⅰ进行检测分析，用质谱仪Ⅱ采集样品的质谱数据；第三步，确定代谢混合物中的每种代谢物质；第四步，筛选显著性差异代谢物质。本发明首次建立了一种与肝硬化诊断相关阴离子标志物的筛选方法，得到磷酸二羟丙酮阴离子、1‑脱氧‑D‑葡萄糖‑5‑磷酸酯阴离子和乙醛酸阴离，不仅可分别单独作为肝硬化诊断的新的标志物，还可共同作为肝硬化诊断的新的标志物，为日后肝硬化以及肝癌诊断药物的研发提供新的靶点和思路，具有重要意义。