本发明提供了蜂窝阻尼单元多层复合吸能材料及其制备。所述复合吸能材料依次由防护金属板I、高强聚脲涂层、蜂窝阻尼吸能层和能量处理层组成。所述蜂窝阻尼吸能层由蜂窝铝吸能板和多个聚脲弹性吸能柱组成；聚脲弹性吸能柱填充在蜂窝铝吸能板的蜂窝结构单元中。所述能量处理层依次包括夹层金属板、粘弹性阻尼层I、高强度弹簧、薄壁吸能管、粘弹性阻尼层II和防护金属板II。所述高强度弹簧的一端固定在粘弹性阻尼层I中，所述高强度弹簧的另一端通过粘弹性阻尼材料III固定在薄壁吸能管中。所述薄壁吸能管远离高强度弹簧的一端固定在粘弹性阻尼层II中。所述复合吸能材料不但极大的提高了防护效率而且克服了传统结构一次性防护的缺点，提高了利用率。