本发明公开了一种利用餐厨垃圾生产清洁能源的方法，包括将收集到的餐厨垃圾中粗固体及砂砾的分拣筛除，经过微波加热预处理、第一初沉池沉降、第二初沉池沉降得到废弃活性污泥以及初级污水污泥，将所述废弃活性污泥经过离心后进行水热碳化并离心后得到湿态水热炭及水热碳化液，将所述水热碳化液与所述初级污水污泥经过产酸处理后，转移至渗滤液床反应器进行光发酵降解以及产甲烷厌氧消化反应后得到沼气和氢气，所述湿态水热炭经过太阳能干燥机干燥后可以作为一种高能环保的生物燃料能源。本发明的方法提高了在厌氧消化过程中的消化率，进而减少了消化渣滓剩余量，并且可以得到作为生物燃料能源的水热炭、沼气和氢气，进行了能源的回收利用。