本发明公开了一种数字孪生系统复杂任务高效调度系统，该系统适用于Xilinx公司Virtex‑5系列FPGA芯片，包括：设计数字孪生系统复杂任务属性定义模块，该模块从任务的资源占用、到达时刻、执行时间、截止时刻四个方面完成任务属性定义；设计数字孪生系统复杂任务调度双缓存模块，该模块完成对分批到达任务的缓存，以便在同一时刻计算它们的调度优先级，并在一定调度次数约束下完成前次调度失败任务的再调度；设计数字孪生系统复杂任务可调度性判断模块，该模块完成任务的调度优先级计算，并按照调度优先级高低进行任务调度。本发明能够在一定程度上解决紧急任务无法被立即调度的问题，提高数字孪生系统复杂任务调度效率。