本发明公开了一种丹顶鹤SNP标记及其筛选方法和应用，属于分子生物学技术领域。本发明通过采集10个丹顶鹤的血液样品，提取基因组DNA，利用GBS‑seq方法对所述基因组DNA进行GBS文库构建及测序，采用SAMTOOLS软件进行群体SNP的检测，挑取72个适合设计引物的SNP，根据所述SNP序列设计出相应的引物对，采集另外30个丹顶鹤的基因组DNA并应用上述的引物对进行PCR扩增和测序，最后筛选获得33个高质量的公共SNP位点。作为丹顶鹤的分子标记的33个SNP位点，可以在辅助繁殖，遗传多样性研究，基于SNP的关联分析，以及用于资源鉴定与分类等方面进行应用，对丹顶鹤种群管理具有重要应用价值。