本发明属于机器人柔顺控制领域，并具体公开了一种基于补偿的串联弹性驱动器柔顺控制系统及方法，其根据阻抗模型Pk及预设的当前时刻串联弹性驱动器负载端的目标位置/角度得到根据串联弹性驱动器负载动态模型的逆名义模型和当前时刻串联弹性驱动器负载端的实际位置/角度得到根据及得到根据及计算得到并基于及计算当前时刻t作动器实际目标位置/角度最后控制串联弹性驱动器的作动器实时跟踪实际目标位置/角度以此实现串联弹性驱动器对目标阻抗的实时跟踪。本发明可实现串联弹性驱动器的柔顺控制，具有控制精度高、效果好等优点。