本发明涉及一种基因疾病关联分析系统的构建方法、装置、计算机设备和存储介质，所述方法包括：获取与每一种预设的疾病相关的基因数据；根据与每一种预设的疾病相关的基因数据，通过预训练的机器学习模型，构建与每一种预设的疾病对应的基因疾病数据表；根据与每一种预设的疾病对应的基因疾病数据表，构建基因疾病关联数据库；将基因疾病关联数据库进行图形化展示，以构建基因疾病关联分析系统。通过上述方法，可以构建一系统性、高质量的基因疾病关联分析系统，通过该系统，用户可以非常直观和便捷的根据某一类疾病的疾病名称或临床特征筛选出与该疾病相关联的候选基因，进而发现、识别某一类疾病在发生发展过程中的调控基因。