本发明属于污水生物脱氮处理技术领域，具体涉及一种一体式短程反硝化厌氧氨氧化水处理快速启动方法及系统。所述方法包括预处理工业硝酸盐废水、调配城市生活污水、混合废水和短程反硝化耦合厌氧氨氧化反应。所述系统包括硝酸盐废水预处理水箱、城市污水稀释水箱、混合废水水箱、有机氮源水箱和UASB生物膜反应器。本发明提供的技术方案通过启动阶段进水方式、参数控制等可以实现短程反硝化原位耦合厌氧氨氧化反应对工业硝酸盐废水和城市生活污水处理的快速启动，高效和深度脱氮除碳，是一种经济节能且极具应用前景和价值的污水生物处理工艺。