本发明公开了用于FPGS和GGH蛋白表达量检测的特征性肽段及其应用，用于FPGS蛋白表达量检测的特征性肽段的序列为：SGLQVEDLDR；用于GGH蛋白表达量检测的特征性肽段序列为：YLESAGAR。基于上述特征性肽段定量检测FPGS和GGH蛋白表达量的方法，包括以下步骤：通过液相色谱‑质谱联用法或QconCAT法对用于FPGS蛋白表达量检测的特征性肽段和用于GGH蛋白表达量检测的特征性肽段进行定量检测，进而实现对FPGS和GGH蛋白表达量的定量检测。本发明提供的特征性肽段序列能够实现同时、高效、灵敏、准确且可重复地对FPGS与GGH进行绝对定量分析，进而实现临床中MTX精准给药的临床指导。