本发明实施例提供一种基于Burst模式的短脉冲激光器系统及控制方法，包括外控制电路、光振荡级模块、模式匹配器和光放大级模块，其中：外控制电路，用于生成触发信号，并将触发信号发送到光振荡级模块，以用于控制光振荡级模块；其中，触发信号为脉冲电信号，包括泵浦触发信号和调Q触发信号；光振荡级模块，用于根据接收到的所述触发信号，生成窄脉冲激光；模式匹配器，用于对窄脉冲激光的尺寸进行调整，并将尺寸调整后的窄脉冲激光发送到光放大级模块；光放大级模块，用于对尺寸调整后的窄脉冲激光进行放大处理，生成基于Burst模式的短脉冲激光。本发明实施例可在大范围工作重频下，保持短脉冲激光串稳定输出，且脉冲宽度近似稳定不变。