本发明涉及医疗清洗机技术领域，具体涉及一种清洗机自动进出车控制系统及使用方法，所述自动进出车控制系统包括清洗机、设置在清洗机入口端的装载模块、设置在清洗机出口端的卸载模块、以及控制器，所述装载模块包括第一驱动组件、第一位置检测单元、第二位置检测单元；所述清洗机包括第二驱动组件、第三位置检测单元；所述卸载模块包括第三驱动组件、第四位置检测单元、第五位置检测单元。本发明通过多个位置检测单元和多个驱动组件配合，将进出车分为装载准备、自动进车、自动出车、卸载准备等多个阶段，且在每个阶段运行过程中进行安全检测，实现清洗架安全、高效的自动进出清洗机的清洗舱，对提高医疗器械的清洗效率和清洗效果具有重要意义。