本发明提供了水稻耐冷基因qSCT11及其应用，该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，该基因cDNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明通过构建超表达qSCT11基因的水稻，发现其在低温胁迫下的存活率显著高于野生型；通过构建RNAi抑制qSCT11基因表达的水稻、以及构建敲除了qSCT11基因的水稻，发现低温胁迫后，转基因水稻株系的存活率显著低于野生型。本发明还提供了水稻耐冷基因qSCT11在水稻耐冷育种中的应用。