本发明提出一种基于多层次模糊综合评判的谐波综合责任评估方法，包括步骤：计算各次谐波电压电流责任和谐波总畸变责任；基于层次分析确定电压电流评估指标权重；基于层次分析和谐波含有率确定各次谐波权重；基于多层次模糊综合评判法评估谐波电压总责任、谐波电流总责任和谐波综合责任。本发明统筹考虑了各次谐波责任给出谐波电压总责任和谐波电流总责任评估结果；统筹考虑电压和电流责任，给出谐波综合责任评估结果。有效避免了现有指标中的各次谐波责任无法统一、电压电流责任无法统一的问题，适于实际系统的谐波责任评估，对于准确地定量评估系统和用户的谐波责任，实施谐波责任奖惩方案具有重要意义。