本发明公开了一种检测发酵豆乳中复合益生菌比例的荧光定量PCR方法，包括以下步骤：S1原料选取、S2扩增纯化、S3质检筛选、S4确定拷贝数、S5荧光测定、S6测定结果；本发明的有益效果是：通过特异性引物Lactobacillusplantarum-R、Lactobacillusplantarum-F与Lactobacillusparacasei-F、Lactobacillusparacasei-R，进而大量扩增出所需的两种目的基因；通过利用搭载不同目的基因的大肠杆菌显色不同，方便后期确定拷贝数；通过利用随着反应中双链DNA变性，荧光染料又恢复到游离状态导致荧光信号降低的这一特性，当达到特征峰温度时，特异产物与其它产物区分开，进而可以确定具体产物。