本发明公开了一种批量分析微卫星数据的生物信息学方法。本发明所提供的批量分析微卫星数据的生物信息学方法综合运用了检测微卫星无效等位位点的Cervus、MICRO‑CHECKER软件，计算群体遗传结构的STRUCTURE分析和PCoA分析，以及结合Perl脚本语言编程等方法。实验证明，本发明所提供的批量分析微卫星数据的生物信息学方法全面而系统，去除无效等位位点的微卫星数据更加准确，整个批量处理过程只需要在Windows系统中即可完成，操作简单可行，效率高，准确性好。