本发明提供了一种防控海参圈水绵的菌藻联合制剂制备方法及使用方法。在2216E液态培养基上分别发酵蜡样芽胞杆菌、枯草芽孢杆菌、甲基营养型芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌，之后等体积混合制成混合菌液，然后加入菌液保护剂，再与矿物质载体混合，干燥制成“B‑JKLC”组合剂。取小球藻藻种：SE培养液为1:2比例培养，培养至小球藻密度大于等于0.5g/L。“B‑JKLC”组合剂以海参圈每立方米使用100～150g、小球藻藻剂以水体体积1～3％的使用量，构成菌藻联合制剂。本发明利用海水养殖的“B‑JKLC”组合剂和小球藻藻剂两者之间相互制约与相互依存的作用特点来防控海参圈中的水绵，所用材料全部无毒无害，无二次污染，且成本低廉，便于运输和储存，可实现规模生产。