本发明公开了一种富含黄酮苷元和活性益生菌牛蒡酵素的生产方法，属于发酵食品加工技术领域。首先制备曲霉、乳酸菌、双歧杆菌和酵母种子；其次，基于中药配伍理论确定了以牛蒡为“君”及以豆类、莲藕和红枣为“辅”的原料搭配；再次，采用分段发酵和不同菌种分开酿造技术进行发酵，达到大量增殖益生菌及催化低活性糖苷型黄酮转变成高活性黄酮苷元的目的；最后，结合运用酵素稳态化和真空充氮技术使酵素中的活性益生菌和黄酮苷元保存。按照本发明方法生产的牛蒡酵素储存90d时活性黄酮苷元和益生菌含量分别达到100‑350μg/mL、活性益生菌数达到1‑10×109CFU/mL。