本发明提供了一种建筑物内部水淹的模拟系统及方法，该方法首先根据研究工况开展典型情况物理模型试验；基于SPH方法进行水动力数学模型的建模，采用物理模型试验结果对其进行率定和验证；然后采用经过验证的数学模型开展水淹事件数值模拟计算；分析和处理数值计算结果，获得水淹特征以及水体运动过程三维演示动画。本发明采用无网格的光滑粒子动力学方法模拟水淹三维动态过程，该方法适于计算液面大变形问题，避免了网格方法在水体翻转、破碎等复杂情况下追踪自由液面时易于产生失真的不足。核岛厂房建筑物结构复杂，计算量大，该方法通过并行计算解决计算效率问题，实现了核岛厂房建筑物内部水淹的精确计算。