本发明公开了一种阻控农业面源污染的生态绿沟基质材料及生态绿沟的构建方法，包括糠醛渣20％～45％、活性污泥固定化小球20％～35％、吸附材料15％～30％、高渗透性材料10％～25％、缓释氧材料1％～20％、pH缓冲材料1％～20％。将生态绿沟基质材料铺设于农田灌排水沟渠的底部和两侧边坡并压实，压实度为80％～100％，铺设厚度为农田排水沟渠中水深的10％～35％，在铺设有生态绿沟基质材料的沟底和边坡种植植物，农田排水在沟渠停留时间保持在48h以上。生态绿沟基质材料去除农田排水中污染物提供了微生物种群，可形成局部高浓度微生物降解环境，有益于有机物、氮、磷等被微生物降解。