本发明涉及针对远程操作的手术器械功能分配输入设备的方法和系统。一种在机器人手术系统中分配辅助输入设备以控制手术器械的方法，其能够包括基于辅助输入设备的位置和用户的哪一只手正操作操作性耦接的另一个输入设备，自动地分配辅助输入设备以控制手术器械的辅助功能，从而控制手术器械的运动。一种控制手术器械的系统可以包括手术系统的输入设备，其操作性耦接以生成并发送输入控制信号，从而控制操作性耦接到手术系统的手术器械的运动。所述系统可以进一步包括辅助输入设备和控制系统，所述控制系统操作性耦接所述辅助输入设备，以基于辅助输入设备的位置和用户的哪一只手正操作输入设备，控制手术器械的辅助功能。