利用外周血诊断早期肝癌的DNA甲基化标记物及其应用。本发明属于生物检测领域，涉及一种用于肝癌的标记物及其应用。这些标记物包括选自以下CpG位点中的至少一个：以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，第24167,36996,37361,37178,39913,30789，37020,36832,34428,或者34805位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点。同时还提供了这些标记物的组合用于肝癌诊断的系统及试剂盒等。这些标记物的甲基化状态在肿瘤组织和非肿瘤组织中存在明显差异，在肿瘤组织中低甲基化，这些标记物组合在测试集中区分患者是否患肝癌的准确率达到了95％。