基板检查装置包括测量部、处理部及显示部。测量部获得关于基板的至少一部分的测量数据。处理部以多个选定特征对象为基础，比较基板的测量数据及基板的基准数据，且在相互对应的选定特征对象中相互比较，执行基板的歪曲补偿，检查歪曲被补偿的基板。显示部相互区别地显示作为歪曲补偿成功的区域的第一区域与作为歪曲补偿失败的区域的第二区域。处理部将能识别的有效特征对象的个数与基准个数比较，当能识别的有效特征对象的个数不足基准个数时，判定为歪曲补偿失败。因此，可以提高使用者的便利性，使用者可以容易地挽回歪曲补偿的失败，可以实现准确有效的歪曲补偿。