本发明公开了一种船用SCR反应器清灰装置及使用方法，涉及到船舶脱硝的技术领域，包括SCR反应器，其内设有第一催化剂和第二催化剂，SCR反应器具有烟气进口和烟气出口，烟气进口处和烟气出口处之间设有一压差变送器，声波清灰器单元，声波清灰器单元设置在SCR反应器的内部，声波清灰器单元包括第一声波清灰器和第二声波清灰器，压缩空气动力单元，SCR反应器的一侧设有压缩空气动力单元，压缩空气动力单元包括第一手动清灰阀门、第二手动清灰阀门、第三手动清灰阀门、压力变送器、第一电磁阀、第二电磁阀、第一进气管、第二进气管、第三进气管和三通，控制系统，控制系统分别控制第一电磁阀和第二电磁阀。具有清灰效果好、安全性高的特点。