本发明提供了一种物理编码电路及高速接口协议交换芯片；物理编码电路包括通用逻辑模块、可配置逻辑模块及配置寄存器；通用逻辑模块包括多个通用子电路；可配置逻辑模块包括多个可配置子模块；可配置子模块包括多个可配置子电路及选择器；配置寄存器接收软件定义控制电路发送的配置指令，并根据配置指令，对通用逻辑模块的参数进行设置，并通过选择器激活对应的可配置子电路；通用逻辑模块与激活的可配置子电路根据配置指令对应的高速接口协议，对软件定义控制电路发送的待编码数据进行编码，得到已编码数据，并将已编码数据发送至物理介质传输电路。本发明提高了物理编码电路的复用度，从而减小了高速接口协议交换芯片的体积、重量等参数。