本发明公开了一种燃料电池内阻的调整方法及调整系统，后者包括电堆、空气供给装置和燃料电池控制器，空气供给装置包括依次连通的压缩单元、冷却单元和加湿单元，加湿单元与燃料电池控制器电连接，加湿单元的排气口与电堆的进气口连通；压缩单元包括压缩机和第一检测组件，第一检测组件用于检测所述压缩机的进气端的环境空气压力和环境空气温度；冷却单元包括冷却器和第二检测组件，第二检测组件用于检测所述冷却器的排气端的排气压力和排气流量。基于上述调整方法及调整装置能够准确的调整燃料电池的内阻，使燃料电池工作处于最佳区域，提高整个电堆的效率，有效避免电堆中空气相对湿度过低或过高对燃料电池的损害，保证电堆的寿命及工作效率。