本发明公开了一种含大豆多糖的酸奶稳定剂、其在酸奶中的应用及酸奶的制备方法。其包括，以质量百分比计，大豆多糖20.0％～92.0％，果胶1.6％～61.5％，羧甲基纤维素4.0％～62.5％。本发明的酸奶稳定剂以大豆多糖、果胶、羧甲基纤维素为复配稳定剂，在应用时按照比例混合均匀。其中大豆多糖的结构与果胶类似，但是大豆多糖含有更多的半乳糖醛酸以及分支结构，水溶性好，具有良好的热稳定性、化学稳定性，尤其是与其他胶体复配使用时，可以有效的解决饮用型酸奶乳清析出或分层以及口感黏稠等问题，还具有使饮用型酸奶口感清爽的效果。本发明酸奶中蛋白含量以质量百分比计，为1.0～6％。