本发明小麦粉过敏原高效提取剂及其使用方法，涉及蛋白提取领域。其目的是为了提供一种提取率高、所提取小麦过敏原过敏免疫活性高的小麦过敏原高效提取剂及其使用方法。本发明小麦粉过敏原高效提取剂包括柠檬酸磷酸盐缓冲液，所述柠檬酸磷酸盐缓冲液中柠檬酸的浓度为3～5mmoL/L，磷酸盐的浓度为70.3～147.3mmoL/L，所述柠檬酸磷酸盐缓冲液的pH值为7.0～9.0。本发明的小麦粉过敏原高效提取剂的使用方法包括以下步骤：称取；提取；检测。本发明的小麦粉过敏原高效提取剂提取得到的过敏原含量分别较磷酸盐缓冲液、三羟甲基氨基甲烷盐酸、Coca′s液提高了59.4-106.3％、54.5-100％、70-120％；并且采用本发明的提取剂所得过敏原亚基种类丰富且过敏免疫活性高。