本发明公开一种用于不同深度水体采样的无人机系统及其采样方法，该用于不同深度水体采样的无人机系统包括采样模块、机载遥控模块、摄像拍照模块、地面站模块和控制模块；控制模块分别连接采样模块、机载遥控模块、摄像拍照模块和地面站模块；采样模块用于对不同深度的水体进行采样工作；地面站模块用于设定无人机的飞行线路和采样模块需采样的水体所在的水域深度；摄像拍照模块用于将采样点周围环境拍摄成图片，并将拍摄的图片信息发送至控制模块；控制模块根据地面站模块发送的需采样水体所在的水域深度信息和摄像拍照模块发送的图片信息，结合深度学习或SVM方法，对现场采样的图片进行图像识别，判断出采样点所在环境是否存在障碍物。