一种潜流人工湿地系统中汛期雨水的处理方法，具体包括：（1）在潜流人工湿地单元格与集水渠之间的隔墙上增设雨水溢流口，雨水溢流口高于潜流人工湿地主体填料区表层；所述单元格中雨水溢流口的数量N根据潜流人工湿地建设地汛期平均降雨量P和单元格单体面积A确定；（2）在潜流人工湿地外围两侧单元格的纵向隔墙以及集水渠外围隔墙上增设雨水渗滤收集口所述雨水渗滤收集口由渗滤池和雨水进管组成，雨水进管设置在渗滤池底部，渗滤池内填充有填料。该方法有效解决了潜流人工湿地系统中汛期雨水难处理问题，成本低、实施灵活，处理效果良好，系统性、针对性地有效完善和强化了潜流人工湿地系统，保证了汛期潜流人工湿地系统的正常运行。