一种滤除工频干扰信号的控制方法及系统，该控制方法包括：首先对每个通道的预设区段的心电信号进行整流；接着获取整流后的预设区段的心电信号中工频干扰信号的频率、幅度以及相位，其根据每个通道信噪比加权求得系统的最优工频干扰信号并估计频率和相位，以及结合每个通道的幅度构建正弦波；最后将心电信号的预设区段与重建的正弦波信号做相减处理，从而获得滤除工频干扰的心电波形信号。由此达到了滤除工频干扰信号的效果，且不产生振铃效应，使得测量更为精准，因此解决了现有的信号滤除技术存在着因采用陷波器滤波会产生振铃效应，导致信号失真的问题。