本发明公开了一种用于鉴定辣椒黄色花药性状的引物对及其应用。本发明首先提供了一种引物组，由引物1、引物2和引物3组成；引物1如序列1所示，引物2如序列2所示，引物3如序列3所示。所述引物组的功能为如下(a)或(b)：(a)鉴定辣椒黄色花药性状；(b)选育具有黄色花药性状的辣椒。辣椒花药的颜色有多种，采用该引物组，通过KASPar系统(LGC Genomics,UK)进行SNP高通量分型研究，可以直接读取待测辣椒的基因型，从而预测待测辣椒是否具有黄色花药性状，实现早期选育。本发明对于辣椒育种将具有重要意义。