本发明公开了一种深海细菌来源新型热稳定性碱性酯酶E6及其编码基因与应用。本发明涉及酯酶基因e6来自深海细菌Croceicoccus marinus E4A9T，所述的酯酶基因经异源表达后，底物为对硝基苯酚丁酸酯(C4)时催化活性最高，酶活为75.2U/mg。酯酶E6酯酶催化水解最适pH为11.0；在40、50和60℃中孵育60min后，仍能保持50％以上活性；在有机溶剂和金属离子存在条件下，酶学活性较高。该酯酶具有热稳定性和碱性特征，可应用于精细化工、制药、洗涤和废水处理等工业领域高温高碱条件下的工业生产。