本发明提供一种用于地铁车站主体与附属接口处的防水结构，地铁车站主体与附属接口处包括：所述地铁车站主体与附属接口处包括：车站主体结构与附属结构底板的第一相接处、车站主体结构与附属结构侧墙的第二相接处、及车站主体结构与附属结构顶板的第三相接处；第一相接处设有第一防水结构；第二相接处设有第二防水结构；第三相接处设有第三防水结构；本发明还提供一种用于地铁车站主体与附属接口处的防水结构的施工方法。通过上述结构，本发明用于地铁主体和附属接口处的防水结构，弥补了现有结构防水单一的缺点，施工质量可控，提高了接口处的防水性能。