本发明公开了一种极光测量仪器控制方法及系统，方法包括：接收卫星广播的定位参数；根据所述定位参数中的时间参数进行时间转换，获得由地理坐标系到地磁坐标系的坐标转换参数；根据所述定位参数中的地理坐标、所述坐标转换参数计算地磁坐标，在地磁坐标满足预设条件时触发极光测量仪器开始工作。本发明极光测量仪器控制方法及系统，实现了在轨计算极光测量仪器的地磁位置，并根据地磁位置实现对极光测量仪器工作的自动控制，克服了现有方法存在人工干预的复杂性和适时性差的缺点。