本发明公开了一种高性能低模量医用钛合金三维金属零件的制备方法，属于电子束加工技术领域。该方法适用于Ti‑Nb(10‑35wt.％)‑Zr(0‑15wt.％)‑Sn,Ta(0‑15％)低模量医用钛合金系复杂结构金属零件的快速成形制备。首先，采用EBM技术制备钛合金三维金属零件；然后，对制备的三维零件在900～1200℃进行热等静压处理；最后，对钛合金部件进行热处理。通过以上工艺过程，可以获得抗压强度大于5MPa，抗拉强度高于600MPa，弹性模量低于90GPa，延伸率高于10％，疲劳强度高于300MPa的优异综合力学性能的低模量医用钛合金复杂结构三维零件，可在医疗等领域获得广泛应用。