本发明提供一种冷却塔水池清理系统，包括第一冷却塔、第二冷却塔，第一和第二冷却塔下方分别设置第一和第二水池；第一和第二水池侧壁上分别设置冷却水进水管道、冷却水出水管道和污水排出管道；在冷却水进水管道、冷却水出水管道上分别设置第一、第二进水阀和第一、第二出水阀；在第一和第二水池前部侧壁上分别设置第一和第二补水阀；冷却塔水池清理系统通过控制第一进水阀、第一出水阀、第一补水阀、第二进水阀、第二出水阀、第二补水阀的打开和关闭来切换对第一水池的清理和第二水池的清理。本发明还提供一种相应的方法。本发明可以实现节约人工、随时或者定时清理冷却塔水池、在不排水和停止制冷设备运行的情况下进行清理的技术效果。