本发明公开了一种FPGA重构装置、系统及方法，重构装置包括FPGA芯片，FPGA芯片包括FPGA程序单元和存储器。存储器包括作为引导区的程序存储A区，以及存储有应用程序的程序存储B区。当FPGA芯片上电时，先从程序存储A区下载文件运行，并生成FPGA程序单元，当FPGA芯片运行完成后，向外部的处理器发出指示信号，由处理器控制FPGA芯片重新启动，FPGA芯片从程序存储B区中下载应用程序运行。本发明能够有效地解决通过处理器更新FPGA程序过程中存在的风险，确保即使在更新过程中由于错误的操作、突然断电等等一些不可预知的异常情况下，依然能够完成通过处理器更新FPGA程序的过程。