本发明涉及一种耐高温包衣复合酶微丸及其制备方法。所述微丸包含：丸芯和包衣层，其中，所述丸芯由固体粉状酶制剂、淀粉、面粉、微晶纤维素和氢化油组成；包衣层由聚丙烯酸树脂乳化液、羟丙基甲基纤维素和乙基纤维素组成。所述微丸的制备方法包括如下步骤：将固体粉状酶制剂与氢化油混均后加入载体，经过干混、湿混，形成混合物；将混物经摇摆或挤压制成微丸；将微丸同时进行烘干和包被，再烘干；先将聚丙烯酸树脂乳化液和羟丙基甲基纤维素溶于水进行第一层包衣，再将乙基纤维素用乙醇溶解进行第二层包衣；烘干即为复合酶包衣微丸成品。本发明的复合酶包衣微丸耐热性能良好、稳定性好、外观圆整、粒径均匀，与饲料有很好的混合均匀度。