一种超高精密硅基通孔图形结构的制备方法，包括：在硅基板上制作无机掩模层；在该无机掩模层上涂布光刻胶，并刻蚀形成光刻胶图形结构；以光刻胶图形结构为掩模对该无机掩模层进行刻蚀；以刻蚀后的无机掩模层作为掩模，利用干法刻蚀工艺刻蚀硅基板，在硅基板上形成通孔图形结构，并且在该干法刻蚀工艺中，对于口径在2μm以下的开口部，在常温下该无机掩模层的硅刻蚀选择比在1：1000以上，而且在对该硅基板上与通孔图形结构中口径最小处相应区域的刻蚀深度达到设定深度之前，该无机掩模层未被完全刻蚀除去。本发明制备方法工艺简单，成本低廉，能实现具有高精度亚微米硅基通孔图形的高效、快捷的规模化制备，从而充分满足实际应用的需求。