本发明提供了一种重金属污染土壤的微生物修复方法，包括以下步骤：步骤一，分离趋磁性细菌；步骤二，趋磁性细菌的培养；步骤三，趋磁性细菌修复重金属污染的土壤；步骤四，趋磁性细菌的回收；步骤五，趋磁性细菌与重金属的分离。本发明提供一种重金属污染土壤的微生物修复方法可以有效减少重金属在土壤中的含量，从而降低了重金属在植物中的积累量。本发明提出的重金属污染土壤的微生物修复方法属于原位修复，操作简单、成本低廉、修复效果好，并且不破坏土壤肥力、不存在土壤的二次污染。