本发明属于先进纳米复合材料技术领域，具体为一类具有蛋黄结构的磁性介孔氧化硅微球材料及其制备方法。本发明首先采用高分子溶胶‑凝胶化学合成法，在磁性纳米颗粒外面包裹上一层聚合树脂高分子壳层，然后采用水油两相法，在聚合树脂壳层表面非接触生长一层介孔氧化硅壳层，经过溶剂洗涤萃取除去表面活性剂和有机溶剂，最终得到具有有序介孔孔道、大空腔、蛋黄结构的磁性介孔氧化硅复合微球材料。所得到的复合微球具有较大可调的空腔，较高比表面积，均匀垂直界面的介孔壳层，稳定又较强的磁响应性以及非常均匀尺寸和很好的分散性，在纳米反应器，催化，药物缓释，大容量生物分离、吸附方面具有广阔的应用前景。本发明方法简单，原料易得，适于放大生产。