本发明公开了一种可调高度差的显微镜组合载物台，包括套筒，在套筒内安装固定样品台和移动样品台，套筒和固定样品台通过螺钉连接，套筒和移动样品台通过螺纹连接；套筒内壁形成内螺纹，底部形成沉孔，内底面形成内凸台，内凸台中部形成凹槽；固定样品台由半圆柱型上部和圆柱型下部形成，下部向下形成凸台，凸台中间形成安装螺孔，上部形成多个样品槽；移动样品台呈圆柱型，外圆周面形成外螺纹，上端形成凸缘，中间形成异形孔。本发明结构简单，操作方便，可以同时检测高度差较大的多件样品，避免了因样品高度差带来的反复换装样品、磕碰显微镜镜头等问题，有效地增加了单次检测的样品数量，提高了检测效率。