本发明涉及发动机自动起停车辆上的双电池管理系统。该双电池管理系统具备：起动机；第一电池，用于仅对所述起动机进行供电；第二电池，用于对整车负载进行供电；发电机，用于对所述第一电池以及/或者所述第二电池和整车进行供电；第一电池传感器，用于获取第一电池的电量信息及充放电信息；第二电池传感器，用于获取第二电池的电量信息及充放电信息；电池切换模块，用于切换所述第一电池、所述第二电池与整车网络的连接/断开；发动机控制模块，用于控制所述发电机；车身控制模块，用于对所述电池切换模块进行控制并且用于与所述发动机控制模块及所述第一电池传感器、所述第二电池传感器进行信息交互。