本发明公开了一种基于多功能平衡变压器的混合型铁路电能质量控制系统，其特征在于，包括多功能平衡变压器、无源LC滤波支路、变流器和直流电容，所述多功能平衡变压器的一次侧与电网相连，二次侧的两相端口与牵引馈线相连为机车供电，二次侧的三相端口与无源LC滤波支路相连；所述无源LC滤波支路的另一端与变流器交流侧出线端口相连，所述变流器直流出线端口与直流电容相连。本发明无需大容量辅助降压变压器，从而提高了整个系统的集成度，大幅降低了成本、占地空间和安装难度；采用有、无源混合补偿方案使得该系统在获得较好补偿效果的同时，有利于提高PPF的可靠性，降低变流器的容量；采用平衡变压器能获得较为理想的负序抑制效果。