一种低致敏性婴幼儿配方奶粉的制备方法，该配方中的蛋白是以脱盐乳清粉和酪蛋白粉为主要原料，利用高压脉冲电场技术和喷雾干燥技术生产低致敏性的乳清粉和酪蛋白粉，再将其应用于生产婴幼儿配方奶粉。通过本法发明制备的配方奶粉不仅满足婴幼儿的日常生活所需的所有营养素，而且提供了低致敏性的蛋白，同时使酪蛋白和乳清蛋白部分功能特性得到改善，如起泡性、溶解性和乳化性等。这对于解决牛奶过敏婴幼儿食用奶粉致敏的问题具有重要的现实意义和社会价值。